Η ιδιαιτερότητα των ναυτιλιακών επιχειρήσεων συγκριτικά με τις χερσαίες είναι ότι το πλοίο αποτελεί από μόνο του μια επιχείρηση η οποία όμως βρίσκεται <<εν κινήσει>>, δηλαδή διεθνώς μεταφέρεται σε διάφορα λιμάνια αλλάζοντας σύνορα. Eπομένως θα πρέπει λογιστικά να προσδιορίζονται λεπτομερώς και με ακρίβεια όλα τα έσοδα και έξοδα που αυτό δημιουργεί κατά την κίνησή του και μάλιστα σε διαφορετικό νόμισμα ανάλογα με το λιμάνι προσέγγισης.

Ένας άλλος παράγοντας λογιστικής φύσεως είναι ο λογαριασμός του πλοιάρχου. Ακριβώς επειδή το πλοίο αποτελεί μια επιχείρηση που δημιουργεί έσοδα και έξοδα ανά τον κόσμο, την οικονομική διαχείριση επωμίζεται ο πλοίαρχος του πλοίου, ο οποίος εκτελεί χρέη λογιστή κατά τη διάρκεια του ταξιδιού, διαχειρίζεται τα χρηματικά διαθέσιμα και το καθημερινό εξοδολόγιο και αποδίδει λογαριασμό στην ναυτιλιακή επιχείρηση.

Μέσω της κατάρτισης της ειδικής λογιστικής κατάστασης με τον τίτλο <<Γενικός Λογαριασμός Πλοιάρχου>> (Master's General Account) , η οποία παρέχεται από τον πλοίαρχο στην ναυτιλιακή επιχείρηση, συνοψίζονται όλα τα πεπραγμένα και λογιστικά δρώμενα της περιόδου για την οποία καταρτίστηκε και αποδίδεται οικονομικός απολογισμός. Μάλιστα, ένα από τα σημαντικότερα μέρη του λογαριασμού αυτού είναι η μισθοδοσία του πληρώματος η οποία καταρτίζεται και εξοφλείται επί του πλοίου κατά τη διάρκεια που βρίσκεται εν πλω.

Οι ναυτιλιακές εταιρείες, ανάλογα με την ένταξή τους στις κάτωθι κατηγορίες, πρέπει να τηρούν τα παρακάτω βιβλία:

Σε πλοιοκτήτριες ναυτικές εταιρείες του Ν.959/ 1979 που τηρούν ένα βιβλίο εσόδων – εξόδων στην ελληνική γλώσσα και εκδίδουν όλα τα φορολογικά στοιχεία που ορίζει για όλες τις επιχειρήσεις ο ΚΦΑΣ.

Σε αυτές που απλώς διαχειρίζονται ή εκμεταλλεύονται πλοία τρίτων, οι οποίες ανάλογα με το ποια νομική μορφή έχουν, τηρούν τα αντίστοιχα βιβλία βάση ΚΦΑΣ: οι ΑΕ και ΕΠΕ διπλογραφικά ( γ' κατηγορίας) ενημερώνοντας τα : Ημερολόγιο, Ισοζύγια, Ισολογισμό, Γενική Εκμετάλλευση, Πίνακας Διάθεσης Κερδών. Οι υπόλοιπες νομικές μορφές όπως ομόρρυθμη και ετερόρρυθμη εταιρεία που ανήκουν στη β' κατηγορία βιβλίων με την απλογραφική τήρηση.

Οι λειτουργικές δαπάνες μιας ναυτιλιακής επιχείρησης, συμπεριλαμβάνουν και τα έξοδα των χερσαίων γραφείων της όσο και αυτών που δημιουργούνται κατά το δρομολόγιο των πλοίων:

Δαπάνες επιχείρησης : έξοδα μισθοδοσίας, διαφήμισης για λειτουργία πρακτοριακών γραφείων, αμοιβές ναυτιλιακού προσωπικού ξηράς (αρχιπλοίαρχοι, αρχιμηχανικοί κ.α)

Δαπάνες πλοίου: έξοδα συντήρησης και επισκευών σε δεξαμενή μηχανών και μηχανημάτων, έξοδα κίνησης πλοίου, ειδικά έξοδα επιθεωρήσεων πλοίου, ασφάλιστρα σε αλληλασφαλιστικούς οργανισμούς, δαπάνες προσωπικού πλοίου, δαπάνες ασυρμάτου και τηλεπικοινωνιών κ.α

Η οργάνωση και ομαλή λειτουργία ενός λογιστηρίου στις ναυτιλιακές επιχειρήσεις αντιμετωπίζει μια πληθώρα προβλημάτων κυρίως λόγω του γεγονότος ότι το πλοίο προβαίνει σε οικονομικές συναλλαγές κατά τη διάρκεια του ταξιδιού του και μάλιστα σε διαφορετικά νομίσματα. Αυτό συνεπάγεται:

Την εξαιρετική χρονική καθυστέρηση στην παραλαβή των παραστατικών από τις συναλλαγές που πραγματοποίησε ο πλοίαρχος ή ο πράκτορας στα διάφορα λιμάνια προσάραξης.

Την αναζήτηση των αναλογούντων ισοτιμιών αυτών των δοσοληψιών λαμβανομένου υπόψη ότι χρησιμοποιείται μια πληθώρα διαφορετικών νομισμάτων με αποτέλεσμα να προκύπτουν πολλές συναλλαγματικές διαφορές.

Τη μετατροπή εξόδων σε λογαριασμό απαιτήσεων. Ένα μέρος των εξόδων του πλοίου, κυρίως όσον αφορά την επισκευή και συντήρηση αυτού, καλύπτονται από ασφαλιστικά συμβόλαια, με αποτέλεσμα να απαιτείται ειδικός λογιστικός χειρισμός κατά τη μετατροπή των εξόδων αυτών σε απαιτήσεις από ασφαλιστικές εταιρείες.